Однако специалисты NASA вынуждены были уничтожить модель X43-A и ракету после того, как она вышла из-под контроля. Камеры, установленные на борту двух истребителей F-18, зафиксировали неполадки в системе наведения ракеты Pegasus спустя несколько секунд после того, как ее выпустил B-52. Она должна была разогнать модель самолета до сверхзвуковой скорости. После обнаружения неисправностей ракета, а вместе с ней и образец X43-A были уничтожены. Обломки упали в Тихий океан.

Запуск модели X43-A стал первым из трех тестовых полетов, входящих в программу NASA, стоимость которой оценивается в 185 миллионов долларов. Этот проект предназначен для усовершенствования обычных пассажирских перелетов. На то чтобы пересечь США, самолету X43-A понадобилось бы не более 30 минут.

Ученые, работающие над проектом, пока не объяснили причину неудачи первого запуска. Однако, по их мнению, всему виной была ракета-носитель, а не сам X43-A.